Bernd Stegmann studierte in Detmold und Berlin. Zu seinen Lehrern zählten Martin Behrmann, Helmut Barbe, Heinz Werner Zimmermann und Ernst Pepping. 1975 legte er das A-Examen an der Berliner Kirchenmusikschule ab. Weiterführende Studien der Orchesterleitung in Wien und bei Sergiu Celibidache. Von 1977-1985 war Stegmann Organist und Kantor an der Pauluskirche Berlin-Zehlendorf und künstlerischer Leiter der Berliner Bach Gesellschaft. Im Jahr 1986 wurde er Professor für Chor- und Orchesterleitung an der Hochschule für Kirchenmusik in Heidelberg. Seit 2006 ist er auch deren Rektor.

Er leitet den Badischen Kammerchor, das Berliner Vokalensemble, die Heidelberger Kantorei und arbeitet mit namhaften Orchestern und Instrumentalensembles wie „Concerto armonico" (Budapest), „Deutsche Kammerphilharmonie", „Concerto Palatino" (Bologna) und „Musica fiata" (Köln) zusammen. Die „Neue Badische Philharmonie", ein Orchester, das sich der historischen Aufführungspraxis klassischer und romantischer Werke widmet, wurde von Bernd Stegmann gegründet.

Mehrere zeitgenössische Werke, von denen einige ihm oder seinen Chören gewidmet sind, wurden uraufgeführt. CDs mit dem Berliner Vokalensemble, so das Mörike-Chorliederbuch op. 19 (Musicaphon M 51820), die Geistliche Chormusik op. 12 von Hugo Distler (Cantate C 57007), die Geistliche Chormusik op. 90 von Arnold Mendelssohn (Cantate C 58005), Deutsche Volkslieder (Musicaphon M 56816) und „Gedanken über die Zeit“ von Helmut Barbe (Cantate C 58014) sowie von Ernst Pepping die Missa „Dona nobis pacem“ und weitere Motetten konnten große Beachtung finden.